由科技部基础研究管理中心组织的2009年度中国基础研究十大科技进展揭晓，分别是：北京正负电子对撞机重大改造工程通过国家验收；查明中国陆地生态系统的碳平衡状况；揭示A1 型短指症致病机理；发现β-抑制因子-2 复合体信号缺损可导致胰岛素耐受；实验证实诱导性多能干细胞具有发育全能性；发现金属钠在高压条件下可转化为透明绝缘体；阐明纳米孪晶纯铜极值强度的形成机制；高温铜氧化物超导体物性和超导机理研究取得重要进展；鉴别出与超级杂交水稻杂种优势相关的潜在功能基因；找到鸟类起源的一些关键证据。